مطالب کتاب در بیست باب سامان یافته است. باب اول تا شانزدهم دربارهٔ گریستن است و چهار باب آخر در موضوعات دیگر. در باب هفدهم از تولّی و تبرّی سخن رفته و در باب هجدهم به توصیه‌های اخلاقی پرداخته شده است. باب نوزدهم به وظایف عزاداران و واعظان و اهل منبر و ذاکران و مداحان و چگونگی آداب عزاداری اختصاص یافته، و باب بیستم شامل اشعار نویسنده است. اما در یک حالت کلی و از نظر محتوایی، کتاب بکاء للحسین از سه قسمت ذیل تشکیل شده است:
الف) قسمت اول کتاب شامل دو باب نوزدهم و بیستم(در بیان وظایف عزاداران، در مراثی و زبان حال‌ها، اثر طبع مولف) است که از جمله تالیفات قبلی میرجهانی بوده و حداقل باب نوزدهم آن قبلا به چاپ رسیده بود.
ب) در برخی از قسمت‌های کتاب (همچون باب‌های اول، چهارم، پنجم) روش ارائه مباحث بر مبنای ارائه حدیث استوار شده است. در این روش، مدرک حدیث، سپس متن و در انتها ترجمه آن، همراه با منبع در زیرنویس صفحه ارائه می‌شود. علاوه بر آن، مولف کتاب، در مواردی به اظهار نظرات شخصی نیز می‌پردازد
